仮払の返納のオペレーションについて教えてください。

大きく2通りあります。

申請者本人が経費タイプ「仮払の返納」を選択し、経理に返納したい仮払金額を入力して経費精算レポート上で精算する方法。
管理者ユーザーが管理＞ツール＞仮払申請管理＞従業員の残高タブで従業員から返納を受ける仮払申請を選択し、「返納金額を記録」ボタンで返納を受けた仮払金額を入力することで精算する方法。

後者の場合、「返納金額を記録」のボタンから発行金額と同額を入力することでSAEファイルにて相殺仕訳が出力されます。
もし仮払発行の取消をおこないたいというような場合にも、「返納金額を記録」のボタンから発行金額と同額を入力することで相殺（取消）が可能です。